技術要求高，普遍推廣較困難
因作物不同品種和不同生長階段對養分的需求不同，導致營養液的配置與管理需要有接受過技術培訓的專業人員完成，不能廣泛地被一般的勞動者所掌握．營養液配置時所用的專用化肥，市場上不易買到，并且價格高昂，這也成為了無土栽培技術沒有被廣大勞動者掌握的原因之一。
廢棄液存在污染環境的風險
無土栽培離不了營養液，與營養液配制相配套需一系列設備，如，測試系統、循環泵等，并且如果是開放式栽培技術，存在廢棄營養液硝酸鹽含量高，排放后易引起水體富營養化的危險；如果是封閉式栽培技術，營養液中大量有機質的存在易滋生病原菌，給作物帶來毀滅性破壞的風險。
.jpg)
系統設備投資成本高
各種應用營養液來灌溉作物的無土栽培系統，一般每667㎡地一次性投資至少6000元以上，有的甚至高達５～６萬元，即使較實用的有機生態型無土栽培系統，其一次性投資也達2000～3000元。為從長遠看，通過引進國外設備和技術進行本土化改良，研究和開發適合我國國情的無土栽培系統是發展的關鍵。
政府的扶持力度不夠
目前國內出臺了很多惠民政策，其中就包括農機具補貼，但大多數省份就只有設施大棚有補貼，而實現無土栽培自動化及智能化所需要的智能溫室并不在扶持范圍內。
每個新興技術在應用的過程或多或少都會存在這樣或那樣的問題，無土栽培技術就是一個非常鮮明的案例，但這項有利于可持續設施園藝發展的技術還是值得從業者去探索的，洞悉這項技術的每一個細節。