1、投資大。通過以上對基質栽培式魚菜共生系統的成本收益分析，系統初始投資金額巨大，要達到 106.8 萬元，這不是普通的中國農民能夠負擔的。而且，在大規模的投入資金之后，并不會在短期內就立刻見到回報。
2、技術難。魚菜共生系統是一個閉環的生產系統，不存在害蟲和雜草，不使用肥料和農藥，它的良好運轉主要是依賴于系統中的魚、微生物和蔬菜三者之間的平衡。要想達到這個目標，就要求系統的操作者要對動植物學和生物學有一定的了解，要具備相關專業知識。而這樣的高要求顯然是高于當前我國農民的基本素質的。
3、風險高。在系統開始自循環之后，還有一個最大的風險就是系統的不確定性。因為整個系統是一個相互影響的整體，所以其中有任何一個環節出現問題，都會導致整個系統的癱瘓崩潰，進而出現無法挽回的毀滅性后果。
想要發展魚菜共生系統，就要克服系統在技術和管理方面的難題。采用專家講解、現場演示等形式來進行開展這些培訓，進而助推魚菜共生系統的發展。